Kerajaan Islam

Islam tiba di Indonesia pada sekitar abad ke-12 dan melalui bercampur bebas, menggantikan agama Hindu sebagai agama yang terutama pada akhir abad ke-16 di Jawa dan Sumatera; hanya Bali yang tetap mempertahankan majoriti penganut Hindunya. Di kepulauan-kepulauan di timur, paderi-paderi Kristian dan ulamak-ulamak Islam diketahui sudah aktif pada abad ke-16 dan 17 dan pada saat ini, adanya sebahagian yang besar penganut kedua-dua agama ini di kepulauan-kepulauan tersebut. Penyebaran Islam didorong oleh hubungan perdagangan di luar Nusantara; umumnya para pedagang dan ahli kerajaanlah yang pertama menganuti agama baru tersebut. Kerajaan-kerajaan yang penting termasuk Mataram di Jawa Tengah, serta juga Kesultanan Ternate dan Kesultanan Tidore di Maluku di timur.